将来のキャッシュフローには常に不確実性が伴います。 しかし、資金残高キャッシュフローまで（第二段階まで）は、将来のキャッシュフローのシナリオの一つを描いたものにすぎませんでした。
ファイナンシャルスキャニングでは、この不確実性の要因のうちの物価上昇率、収入（給与収入または所得）のベースとなる上昇率、手元資金（資金残高）の運用利回りの変動性を組み込んで、キャッシュフローの不確実性を確率的に認識し、より保守的なアプローチから手元資金（資金残高）の推移を把握していきます。

具体的には、物価上昇率、収入（給与収入または所得）のベースとなる上昇率、手元資金（資金残高）の運用利回りにそれぞれ10000個のシナリオを設定してシミュレーションを行います。 そして、将来の各年度の資金残高の確率分布を作成して、そこからリスク調整後資金残高を計算します。 また、副次的に得られた情報から、デフォルト確率（将来に渡っての資金残高が一部の期間でも残高目標を下回る可能性）の計算や投資へのリスク許容度の判定も行います。 ファイナンシャルスキャニングでは、資金残高を3次元的に表現することから、体のスキャンのデータから病気を発見するような感覚で、将来資金が不足する時期を把握することが可能となります。